Do mạng Tor hoạt động thông qua nhiều máy chủ trung gian và liên tục thay đổi các máy chủ này nên khi sử dụng phần mềm Tor tốc độ truy cập Internet có thể sẽ bị chậm hơn so với bình thường Để khắc phục phần nào nhược điểm này, người ta đang tìm cách nâng cấp hệ thống máy chủ.

Giống như tất cả các mạng vô danh tiềm tàng khác, theo lý thuyết, Tor có nhược điểm là nếu như một phần mềm theo dõi mạng được cài đặt tại 2 máy cuối trong mạng Tor, nó có thể phân tích các thông tin được trao đổi từ 2 máy đó qua mạng Tor. Nhưng cũng rất khó khăn bởi Tor liên tục tự động thay đổi máy chủ, cả máy đầu và máy cuối trong mạng, và dữ liệu cũng đã được mã hóa.